El actual Programa de Posgrado en Ciencias de la Tierra (PCT) de la UNAM tiene su origen en el Programa de Posgrado en Geofisica de la Unidad Académica de los Ciclos Profesional y de Posgrado (UACPyP) del Colegio de Ciencias y Humanidades (CCH). El Posgrado en Geofísica cubrió durante unos años (1987-1994) la demanda de alumnos y tutores interesados en una formación científica moderna en ciencias de la Tierra. A principios de la década de 1990 los Institutos de Geofísica y de Geología así como el Centro de Ciencias de la Atmósfera iniciaron reuniones para conformar un programa más incluyente, que a la postre fue aprobado por el Consejo Universitario en 1994. Con la aprobación del nuevo Reglamento General de Estudios de Posgrado por el Consejo Universitario en 1996, el PCT inició su proceso de adecuación para transformarse esencialmente en lo que es ahora.
El PCT es reconocido por CONACyT como un Posgrado Consolidado y en él participan ocho entidades académicas de la UNAM: Los Centros de Ciencias de la Atmósfera y de Geociencias, las Facultades de Ciencias y de Ingeniería, así como los Institutos de Geofísica, de Geografía, de Geología y de Investigación en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas.